Kisah pengkhianatan Yudas dalam Islam adalah digambarkan bermula dari sifat Yudas yang mudah tertarik kepada tawaran royalti sebanyak 30 keping perak sekiranya dapat memberitahu tempat persembunyian Nabi Isa dan kaum Al-Hawariyun (12 sahabat Rasullullah Nabi Isa) kepada imam-imam kepala Yahudi.
Pada malam selepas Nabi Isa dan kaum Al-Hawariyun menjamah hidangan moreh terakhir dalam peristiwa Santapan Terakhir. Baginda (Nabi Isa) telah membawa kaum Al-Hawariyun untuk bertahannuth, bertaqarrub dan bertasbih kepada Allah SWT di Taman Gethsamani, Baitumuqaddis.
Tidak beberapa lama kemudian, Nabi Isa telah menerima kedatangan Judas Iscariot bersama dengan bala tentera Rom yang berada di luar taman, Yudas yang masuk kedalam taman lalu segera datang menghampiri Nabi Isa dan membisikkan sesuatu kepada Nabi Isa (diriwayatkan dalam bisikan itu Yudas mengatakan kepada Nabi Isa dengan perkataan "Salam sejahtera wahai Rasullullah" dalam bahasa Ibrani).
Sejurus selepas itu Allah Yang Maha Agung lagi Maha Bijaksana telah menukarkan raut wajah Yudas agar seiras dengan wajah Nabi Isa sekaligus mengangkat Nabi Allah Isa ke langit. Yudas yang tidak tahu mengena tentang perihal itu telah keluar daripada taman lalu terus ditangkap oleh bala tentera Rom yang menunggu di luar taman.
Dalam kejadian itu Yudas mengatakan yang dia bukan Nabi Isa yang dimaksudkan tetapi pernyataannya itu langsung tidak dihiraukan. Anggota Al-Hawariyun yang melihat peristiwa itu bertempiaran lari membawa diri sendiri.
Selepas kejadian itu, Yudas telah ditangkap dan dibawa ke muka pengadilan, namun dia tetap berkeras yang mengatakan yang dia bukannya Nabi Isa yang dimaksudkan. Bangsa Israel, imam-imam kepala Yahudi, dan anggota kesatria Rom telah menolak pernyataan Yudas dan menetapkan agar Yudas disalibkan.
Pada hari penyaliban, Yudas telah didera, dicemuh dan dihina oleh kaum Israel, keadaan dia menjadi gila dan dia tidak siuman lagi. Sehinggalah dia telah disalibkan di kayu salib lalu dia berkata "Eli-Eli Lammasabacthtani" maksudnya Allah Allah mengapa Kau tinggalkan aku". Sesungguhnya Allah tidak akan meninggalkan hambanya itu sesuka hati tetapi hanya sebagai balasan kepada perbuatan buruk orang yang mengkhianat RasulNya.
Al-Quran ada menerangkan dalam surat An Nisaa':157 bahawa Nabi Isa tidaklah dibunuh mahupun disalib oleh orang-orang Kafir. Adapun yang mereka salib adalah orang yang bentuk dan rupanya diserupakan oleh Allah SWT seperti Nabi Isa as.(sebahagian ulama berpendapat orang yang diserupakan adalah muridnya yang mengkhianatinya yang bernama Yudas Iskariot, tetapi nama sebenar murid tersebut tidak dinyatakan dalam Al-Quran)
"dan kerana ucapan mereka: "Sesungguhnya kami telah membunuh Al Masih, Isa putera Maryam, Rasul Allah", padahal mereka tidak membunuhnya dan tidak (pula) menyalibnya, tetapi (yang mereka bunuh ialah) orang yang diserupakan dengan Isa bagi mereka.
Sesungguhnya orang-orang yang berselisih paham tentang (pembunuhan) Isa, benar-benar dalam keragu-raguan tentang yang dibunuh itu. Mereka tidak mempunyai keyakinan tentang siapa yang dibunuh itu, kecuali mengikuti persangkaan belaka, mereka tidak (pula) yakin bahawa yang mereka bunuh itu adalah Isa". (An Nisaa' : 157)
